Mszę świeta odprawił i homilie wygłosił metropolita krakowski ks. kardynał Stanisław Dziwisz. Po mszy pogrzebowej trumna została wniesiona do katedry przez księży z ostatniego rocznika wyświęconego przez kard. Macharskiego w 2005 r. Do świątyni weszli także przedstawiciele najbliższej rodziny, arcybiskupi, biskupi oraz prezydent Andrzej Duda z małżonką, premier Beata Szydło, marszałek Senatu Stanisław Karczewski, wicemarszałek Sejmu Małgorzata Kidawa-Błońska i inni oficjele.
Trumna została położona na posadzce katedry przed konfesją św. Stanisława, a następnie po modlitwach, pokropieniu wodą święconą oraz posypaniu ziemią, pochowana w krypcie biskupów krakowskich, która znajduje się pod konfesją. Kard. Macharski spoczął obok swojego wielkiego poprzednika księcia kard. Adama Stefana Sapiehy (1867-1951). Tradycja kościelna przewiduje, że miejsce pochówku biskupa znajduje się "In medio ecclesiae" czyli w środku świątyni - w miejscu, gdzie krzyżują się nawa główna i transept. W przypadku katedry na Wawelu miejscem centralnym jest konfesja św. Stanisława – nazywana także "ołtarzem Ojczyzny". W tym miejscu władcy składali wota i trofea wojenne.
Na rozpoczęcie mszy pogrzebowej kard. Franciszka Macharskiego został odczytany telegram od papieża Franciszka. "Jezu, ufam Tobie" - to biskupie zawołanie było dewizą jego życia i pasterskiej posługi - napisał papież, podkreślając służbę kardynała w niełatwych politycznie czasach. W telegramie, który przeczytał ks. prałat Paweł Ptasznik z Sekretariatu Stanu Stolicy Apostolskiej Papież przypomniał, że dane mu było nawiedzić kard. Macharskiego podczas niedawnej wizyty w Krakowie.